Nacque nel 1698, figlio di Rinaldo duca di Modena e Reggio.
Si districò con alterni destini tra le vicende che segnarono i destini del territorio dell’Italia del nord dopo lo scoppio della Guerra di successione polacca nel 1733, e prese parte alla Guerra di successione austriaca (1742-1748) parteggiando per la Spagna.
Ebbe confermato il possesso del ducato dalla pace di Aquisgrana, che riconosceva a Maria Teresa d’Asburgo (1717-1780) il trono imperiale. Da allora rimase fedele all’imperatrice austriaca, arrivando a prestarle centomila zecchini gigliati durante la Guerra dei sette anni.
Gaudente e libertino, ma anche amante della compagnia di letterati e poeti, Francesco III fu abbandonato dalla prima moglie Carlotta Aglae di Borbone, che morì nel 1761 a Parigi, dove si era trasferita. Sposò in seconde nozze Teresa Castelberco e, dopo la morte di quest’ultima nel 1765, si unì a Renata Teresa d’Harrach, vedova Melzi, che gli sopravvisse.
Grazie alla posizione strategica del Ducato di Modena, cerniera tra la pianura padana, la Liguria e la Toscana, Francesco III fu al centro delle attenzioni del governo austriaco in Italia, che mise in atto una opportuna politica di alleanze. Artefice di questa politica fu Beltrame Cristiani, plenipotenziario di Maria Teresa in Lombardia. Egli, grazie ad un avveduto accordo matrimoniale con il quale la nipote del duca fu concessa in moglie al terzogenito dell’imperatrice, legò il casato estense agli Asburgo. Il contratto di matrimonio stipulato nel 1753 stabiliva che in cambio Francesco III, più avvezzo alle attività mondane che agli intrighi politici, ottenesse la carica onorifica di Amministratore del Ducato di Milano, il che gli permise di prendere parte alla bella vita della città.
Nel 1764, forse pago delle distrazioni che la sua condizione gli aveva permesso fino ad allora, fece richiesta a Maria Teresa di un feudo dove potersi adeguatamente sistemare ponendovi la sua residenza.
Francesco III mise gli occhi su Varese, dove nel 1755 aveva soggiornato ospite del marchese Paolo Antonio Menafoglio, godendo della vita di villa che la nobiltà milanese intratteneva sul Colle di Biumo.
Nel 1766 da Vienna arrivò la risposta positiva alle richieste ducali, non prima però di una accurata indagine compiuta dai solerti funzionari austriaci riguardo al valore delle terre concesse. Il territorio di Varese diventava feudo di Francesco III fino alla sua morte, dopodiché sarebbe ritornato all’Austria.
Così il borgo perse la sua indipendenza vecchia di secoli, strenuamente difesa fino all’ultimo con suppliche ed istanze al governo austriaco, ma sacrificata in nome di superiori ragioni politiche.
Pochi giorni prima della firma del diploma di infeudazione, Francesco III aveva acquistato la casa di proprietà di Tommaso Orrigoni, costruita poco fuori Varese, sulla via per Casbeno.
Egli la trasformò con importanti lavori di ampliamento, durati fino al 1773, nella sua residenza, che volle circondata da un grandioso giardino, nello stile italiano, con riferimenti a quello di Shönbrunn in Austria.
Nel 1771 il Duca d’Este vi stabilì la sua residenza, trasferendovi la sua corte e lo stile di vita cui era avvezzo, e patrocinando la costruzione del Teatro ducale.
Francesco III morì nel 1780.